지난 83년간의 역사를 맞을 당시 ‘민족동국’이 개교이래 최대위기국면이라 불릴 회오리에 휩싸였다. 이지관 총장 등이 지난 1989년 8월 31일 입시부정사건과 관련 대검중앙수사부에 의해 구속 송치된 후 우리학교에서는 ‘동국의 자주적 혁신을 위한 공동대책위원회(총학생회, 직원노조, 대학원학생회, 조교협의회, 민주동문회, 석림동문회, 불교도 연합회)’등 7개 단체를 즉각 구성했다.
공동위원회는 사태에 대한 냉철한 수습대책을 수립하여 적극 추진하며 학원탄압과 불교탄압에 대한 결연한 투쟁을 전개할 것을 결의했다.
이후 9월 5일 이지관 총장은 부정입학사건으로 구속된지 5일만에 법원의 구속적부심결과 불구속결정으로 풀려났다.
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